شفقنا– ولد السيد أبو القاسم الموسوي الخوئي منتصف شهر رجب سنة 1317هـ ق في مدينة خوي التابعة لمحافظة آذربايجان الغربية ، في وسط أسرة علمائية، يرجع نسبها الى موسى الكاظم. والده السيد علي أكبر الخوئي من العلماء المبرزين ومن تلاميذ الشيخ عبد الله المامقاني في النجف الأشرف. بعد أن أتم دراسته قفل راجعا الى موطنه خوي ليتصدى فيه للأمور الاجتماعية والدينية، وبعد أن حدث الاختلاف الشديد بين الأمّة بسبب– حادثة المشروطة– هاجر والده إلى النجف الأشرف سنة 1328هـ ق، والتحق به السيد الخوئي سنة 1330 هـ، برفقة أخيه الأكبر المرحوم السيد عبد الله الخوئي، و بقية أفراد عائلته.
ترأس الحوزة العلمية في أشدّ مراحلها حساسية منذ تأسيسها عام 449 هـ على يد الشيخ محمد بن الحسن الطوسي، لم تتعرض الحوزة لمثل هذه المرحلة منذ تأسيسها أبداً، استلم الرئاسة في فترة نظام الحكم البعثي، ووقت الثورة الإسلامية بإيران، مما جعل النظام البعثي يحس بالخطر المباشر من هذه الثورة، طالبت السلطة الخوئي بأن يصدر فتوى يعارض فيها ثورة الخميني، ولكن نتيجةً لرفضه تعرض للكثير من المضايقات على يد النظام البعثي، وفي عام 1980م عمدت السلطة لتفجير السيارة التي كان يتنقل بها الخوئي إلى مسجد الخضراء، ولكن نجا من حادث الانفجار بأعجوبة بالغة، إضافة لاغتيال العديد من طلاب العلم من النجف وتسفير غير العراقيين منهم إلى بلدانهم، كما أعدمت جملة من تلامذته وعلى رأسهم محمد باقر الصدر الذي أغتيل في عام 1980 لمعارضته لنظام حزب البعث.
